Na terenie Parku występują także inne formy ochrony przyrody. Najcenniejsze fragmenty krajobrazu z wybitnymi walorami przyrodniczymi poddano szczególnej ochronie powołując 5 rezerwatów. Najmłodszy z nich, utworzony w 2004 roku rezerwat Dolina Kamionki chroni obszar ekosystemów związanych z doliną rzeki Kamionki wraz z charakterystycznymi dla nich gatunkami roślin. Dominujące tu lasy olszowe mają bogate i zróżnicowane runo. Wśród nich rozproszone są płaty turzyc i szuwaru trzcinowego. Fragmentarycznie, na obrzeżach, występują również zbiorowiska łąkowe ze stanowiskami pełnika europejskiego i storczykami. Z terenem tym wiążą się źródliska wypływające z rozcięć w zboczach doliny na których występują rzadko spotykane torfowiska źródliskowe. W rezerwacie Dąbrowa na wyspie przedmiotem ochrony są cenne i rzadko spotykane siedliska lasu liściastego, głównie dębowego i bukowego, rosnącego na ponad 4 hektarowej wyspie położonej na jeziorze Lubikowskim. W runie na uwagę zasługuje rosnąca tu pospolicie konwalia majowa oraz lilia złotogłów i występujący w formie płożącej bluszcz pospolity.
    Rezerwat Rybojady chroni ekosystem torfowiska przejściowego wraz z występującą tu florą i fauną. Na uwagę zasługuje porastająca w runie rosiczka, modrzewnica i żurawina. Celem powołania rezerwatu Jeziora Gołyńskie jest ochrona roślinności bagiennej oraz procesu zarastania jeziora. Spotyka się tu stanowiska rzadkich i ginących gatunków roślin jak kłoć wiechowata czy rosiczka. Największym rezerwatem przyrody jest rezerwat Jezioro Wielkie. Obejmuje on jezioro oraz przylegający do niego fragment starodrzewia sosnowego i obszar szuwarowy. Opieką otoczono w nim miejsca pobytu i gniazdowania ptaków, których stwierdzono aż 140 gatunków z czego 80 to gatunki lęgowe. Spośród godnych uwagi należy wymienić gęgawę, głowienkę, bąka, gągoła i błotniaka stawowego. Spotykany jest orzeł bielik, rybołów, kania czy trzmielojad. W okresie wędrówek na jeziorze koncentrują się duże stada ptaków wodnych, głównie kaczek i gęsi.
    Na terenie Pszczewskiego PK utworzono ponad 40 użytków ekologicznych w celu ochrony wartości przyrodniczych i krajobrazowych unikatowych siedlisk. W większości są to obniżenia terenowe i położone w nich: bagna, oczka wodne, torfowiska, podmokłe łąki i trzcinowiska, zarośla łozowe. Rozległy kompleks użytków ekologicznych znajduje się na lewym brzegu rzeki Obry przy rezerwacie Jezioro Wielkie. Porastające tu szuwary i łąki są miejscem lęgów miedzy innymi: derkacza, czajki i krzyka. Dużą wartość przyrodniczą mają pomniki przyrody. Są to głównie wiekowe, pojedyncze drzewa, ich grupy lub aleje. Wśród drzew pomnikowych najliczniejsze są dęby. Najokazalszy o obwodzie 723 cm i wysokości 27 m rośnie we wsi Lewice. Inne gatunki pomnikowe to: lipy, jesiony, wiązy, modrzewie i platany. Godną uwagi jest aleja grabowa o długości 50 m, znajdująca się obok leśnej osady Kaliska.

Natura 2000